小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
一只古老的面具打破了神秘世界族民们的平静的生活，一场不可避免的战争即将爆发！为阻止这场战争，新族长啦啦请人类世界的好友王雨果回来帮忙，淘气的雨果却将爸爸王大山带入了神秘世界。面对周遭突如其来的变化和对未知的恐惧，爱女心切的王大山惊慌失措，糗态百出…… 鬼马精灵的女侠、包子脸怪兽啦啦、帅气呆萌的老爸、率直娇憨的熊大叔；个性迥异的卖萌组合，欢乐逗趣的神秘历险，悬念迭起的旅程即将起航！
回过神来，我只身一人站在地平线的中央。 环顾身边，没有任何的建筑物和人影。 束手无策地踱步之时，突然矗立在身后的「黄昏旅店」… 那是，存在于生与死之间的旅店。 为什么无法动弹？ 为什么……是我？ ――这是赌上性命的第二次比赛。
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
