ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
在被小丑又一次充当替罪羊后，被蝙蝠侠（戴德里克·巴德 Diedrich Bader 配音）抓进了阿卡姆疯人院的哈莉奎茵（凯莉·库柯 Kaley Cuoco 配音）终于在毒藤女（蕾克·贝尔 Lake Bell 饰）的帮助之下认清了小丑的薄情与无情。两人越狱之后，哈莉奎茵和小丑分手了，之后她搬进了毒藤女的家中，两人开始了同居生活。 虽然已经分手，但小丑带给哈莉奎茵的影响却是十分巨大的，哈莉奎茵无时不刻想要在小丑面前证明自己的实力，最好的方式就是加入小丑所在的组织毁灭军团。为了加入毁灭军团，哈莉奎茵需要队友，很快，鲨鱼王、泥脸和神经博士三人就出现在了哈莉奎茵的视野中。
