ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
故事发生在一个惟权力与力量至上的江湖中，讲述了多年前，中州的宗帅、北地的完颜藏和南疆的文太极三人争霸天下，因各家损失惨重，便立下二十年休战盟约。眼下二十年之约将至，一轮新的征伐正在暗潮涌动。三家互相猜忌仇视，各自立下“追血令” ，将敌对家族最重要的人物列于名单之上，发誓杀尽对方所有高手，一场惊心动魄的天下大战就此拉开了帷幕！
