在遥远的神话时代，人类私欲膨胀，相互残杀，人世间血雨腥风，哀鸿遍野。人类仇恨的力量创造了妖邪界及其魔王霸主阿罗醐，阿罗醐的出现是人类的命运更加黯淡无光。这时，身穿金色铠甲的勇士迦雄须出现，打败了阿罗醐，还世界以光明。然阿罗醐虽死，其聚集了邪念铠甲却还留存世间。为了抑制住邪恶的力量，迦雄须用“仁、义、礼、智、信、忠、孝、悌、忍”九种人类精神将其封印。 一千年倏忽而去，公元1988年，妖邪帝王之城阿罗醐城出现东京上空，黑暗再次降临。就在人类世界危在旦夕之时，五位身穿铠甲救世主挺身而出……
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
800年前的王复活了，他带领贪欲者们在世界各地大肆破坏。火野映司为了保护人类，变身成假面骑士欧兹和王进行了激烈的战斗。然而，他为了保护一名小女孩，被王所伤，在最后一刻，他许下了愿望，希望他的好伙伴安库能复活。 成功复活的安库处在一头雾水中，他找到了比奈等人，并和比奈一起找到了映司。然而在他们面前的并不是真正的火野映司，而是新的贪欲者豪达，他附身在了映司的身上。豪达提出要求，希望能和安库联手一起去打败古代欧兹。 在众人的努力下，800年前的王终于被打倒了，但一切并没有结束。想要获得强大力量的豪达吞噬了所有的核心硬币，并准备对付安库等人。安库附身到了映司身上，他们一起变身成假面骑士打败了豪达，世界因此恢复了平静。
