林动为了从百朝大战中脱颖而出,带着同伴小貂、小炎深入危机四伏的远古密藏寻找机缘。经历重重艰险后,他击败了宿敌林琅天,在四宗殿的青龙殿获得殿主的武学传承,还获得生死转轮丹,帮助小貂重塑了身体。此后,林动又通过挑战超级王朝参赛者以提升自己积分排名的方式,成功获得了百朝大战冠军之战的参赛资格,并在万众瞩目中再次将林琅天彻底打败。然而,心存不甘的林琅天却与潜伏在百朝大战战场上的西玄域奸细勾结,启动封天阵图要夺走百朝大战所在的远古战场,并将林动等人置于死地。最终,林动带领众多参赛者,齐心协力破解西玄域阴谋,捍卫东玄域利益。林动因此成为百朝大战冠军,并加入超级宗门中的道宗。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年,官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project(高畫質再製企劃)」,畫面尺寸比將從原先的4:3升級為16:9寬螢幕,線性PCM音源化,部分音樂採用混音版,局部畫面的替換和修正,各特效與背景的處理變更,並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片,再編輯為全48話,收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化,本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送,TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
2013年9月下旬発売予定の『マケン姫っ!』コミック第11巻、乳(NEW)スタッフによるスペシャルOVA付き同梱版の発売が決定した。