自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
Pocket Monster，简称为宝可梦Pokemon。 它们是这颗星球上的不可思议生物。 空中、海中、森林中、城镇中，世界各处都能见到它们的身影。 这是期望在宝可梦战斗中成为最强的少年小智，与梦想收服全部宝可梦的少年小豪的故事。 与小智的搭档“皮卡丘”与小豪的搭档“炎兔儿”等众多宝可梦们一起，前往无限延伸的宝可梦世界的冒险就要开始了。 朝着梦想与冒险的宝可梦世界Let's Go！
“想洗清嫌疑，方法有很多，语言辩解只是其中的一种，但也是最无力的一种。实力也是一种辩解的方法！”紫川秀，这位在魔族大营内孤身击杀紫川家叛徒的将领，在远东地区神秘圣庙守护长老的支持下，成为了远东地区数十万联合部队的首领。一位新的远东之王——光明王，诞生了！
收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
