故事始于2046年,为了追捕侵袭火星的外星人多鲁米斯星人,宇宙探索舰Lysithea号在各地挑选先发人员,初中生美加子(武藤寿美配)也成为一名宇宙员。开始了辗转于火星、太空基地、木星、冥王星等各地的演习。 美加子离开地球后,她的同班同学小昇(铃木千寻配)仍然能收到来自宇 宙的问候——美加子时常发来短信告知近况,只是随着距离的扩大,短信送达地球的时间就会越来越长。“有一天一定能再见面吧!”对方都这么想着。可是,美加子终于杳无音信了。 8年后,小昇在报纸上读到了8年前宇宙军和多鲁米斯星人恶战且几乎无人生还的新闻。此时手机突然响了:“24岁的小昇你好,我是15岁的美加子哦!……”手机屏幕上映出这样的话来。
电影讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要毁灭地球的不明生物杀老师,担任全校最不被看好的班级3年E班的导师,与学生之间发生的故事。杀老师虽然是个有马赫级神速移动能力、以及奇怪触手的生物,却为学生竭尽心力、赴汤蹈火。使得本来弥漫诡异氛围的课堂,却成为3年E班终生难忘的回忆。而3年E班的同学们与杀老师以羁绊和真挚互动所守护的约定,也陪伴着他们到了7年后的未来。