《战国BASARA》中活跃的武将们，在现代高中再次展开了激烈的战斗：前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分，学园内群雄割据，为争夺新会长之位成为乱世。足球社的王牌“真田幸村”、棒球部的王牌“伊达政宗”，高呼着团结就是力量的“德川家康”，矢志打倒家康的“石田三成”等人纷纷参战——这个混乱的学园，还会有明天吗？
一夜间惨变孤儿的张小凡被青云门收为弟子，经过五年刻苦修炼，他在师门七脉会武上大放异彩，后被派往空桑山打探魔教行迹，旅程中，他与师姐陆雪琪遭遇危难，并结识救护了魔教女子碧瑶，同时，新的危险也在前方等待着他。
故事发生在一处温馨但偏僻的田园小镇奥木染，双亲过世的少年春日野悠（桥本隆 配音）带着体弱多病的妹妹春日野穹（田口宏子 配音）千里迢迢的来到了这里，准备寄宿在祖父留下的房子中。虽然照顾妹妹的起居很辛苦，但悠还是拥有了一段难得愉快的时光。 在这里，悠遇见了幼年的玩伴天女目瑛（阪田佳代 配音），成熟温柔的姐姐依媛奈绪（猪口有佳 配音），认真可爱的大小姐渚一叶（小野凉子 配音）等热情亲切的朋友们，还有同班损友中里亮平（中国卓郎 配音）的插科打诨让他笑口常开。同时，一些模糊的回忆逐渐的浮上了心头，是和谁有过怎样的约定呢？面对着面前似曾相识的风景，悠的记忆开始苏醒。
青井和哉（市来光弘 配音）是一个善良平凡的少年，姐姐青井和叶（能登麻美子 配音）的死却永远的改变了他将来的道路。袭击和叶的，是一种名叫“NOVA”的异次元体，为了替姐姐报仇，和哉进入了培养与异次元体战斗的战士的专门学校——杰尼提克斯学院。 在学院中，学员们被分为潘多拉与制御者两种类别，就这样，和哉结识了一群外表柔弱实力却异常强大的女孩子们。其中，被称为最强潘多拉的莎缇莱萨（能登麻美子 配音）最让和哉感到在意，在机缘巧合之下，和哉竟然和她结成了搭档。此外，还有外刚内柔的傲娇娘嘉涅沙（喜多村英梨 配音），神秘的西藏转学生拉娜林沁（花泽香菜 配音）等人。在战斗和学习的过程中，和哉下定决心，一定要揭开姐姐死亡的谜团。
