《战国BASARA》中活跃的武将们,在现代高中再次展开了激烈的战斗:前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分,学园内群雄割据,为争夺新会长之位成为乱世。足球社的王牌“真田幸村”、棒球部的王牌“伊达政宗”,高呼着团结就是力量的“德川家康”,矢志打倒家康的“石田三成”等人纷纷参战——这个混乱的学园,还会有明天吗?
在水果江湖中,武术是最受人追捧!其中更以果宝大侠橙留香、菠萝吹雪、陆小果成立的正教最让人瞩目。三人号称果宝三剑客,在水果江湖行侠仗义,锄强扶弱,受到万民崇拜。但就在正教三周年庆祝会上,四大恶贼横空出世打败三剑客,将正教改为歪教,并四处铲除其他教派,抓捕村民,将水果江湖搅得民不聊生。 为解救民众和重现正教,在江湖奇人疯清扬暗中帮助下,三剑客打败怪兽得到神兵升级机甲,一路向着四大恶贼的所在地进发,在途中更与上官子怡、小果叮、夜燕等人共同经历了一段段嬉笑怒骂,热血搞笑的故事。而一次次的苦战,就是一次次成长,凭着百折不挠,永不放弃的心,三剑客终于打败四大恶贼,重回巅峰。 当三剑客以为危机解除,未曾想四大恶贼的幕后主使东方求败出现!面对企图颠覆水果江湖的东方求败和四大恶贼,三剑客与疯清扬等人与他们在七界山莲花处展开了一场惊天动地、事关水果世界存亡之战。最终,三剑客等人与东方求败和四大恶贼同归于尽,用生命守护了水果世界。