《战国BASARA》中活跃的武将们,在现代高中再次展开了激烈的战斗:前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分,学园内群雄割据,为争夺新会长之位成为乱世。足球社的王牌“真田幸村”、棒球部的王牌“伊达政宗”,高呼着团结就是力量的“德川家康”,矢志打倒家康的“石田三成”等人纷纷参战——这个混乱的学园,还会有明天吗?
收复玉龙国、打败天地盟主之后,神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长,黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心,元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡(玄天邪帝),并且开始了对玉岛国(玉龙国的姊妹国)进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援,没想到南宫逸不在家,反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来,玉龙国元首知道了这件事,马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天,一场正邪大战又开始了......