故事发生在一个几乎人人都会使用魔法的世界之中，艾妮丝菲亚（千本木彩花 配音）是帕雷提亚王国的公主，在童年时代，她意外的重获了前世的记忆。但因为无法使用魔法，艾妮丝菲亚在贵族之中饱受轻视。 但对于乐观积极的艾妮丝菲亚来说，这并不会使她感到苦恼，她建立了独特的魔法理论，专注于研究通过科学的手段达成魔法效果的方法。一次偶然中，艾妮丝菲亚邂逅了名叫尤菲莉亚（石见舞菜香 配音）的公爵千金，她被剥夺了王妃候补地位，正处于迷惘之中。就这样，艾妮丝菲亚接纳了尤菲莉亚，两人共同开始了对于魔法理论的研究。
你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
十七岁的桐山零（河西健吾 配音）是一名将棋棋士，悲惨的童年遭遇让他自幼便失去了家人，这么多年来一直背负着沉重的记忆独自生活，长此以往，零已经习惯了压抑自己的感情，在心房周围筑起了无法撼动的高墙。 某日，零邂逅了川本家的三姐妹——温柔体贴，擅长照顾他人的大姐川本明里（茅野爱衣 配音）、个性开朗乐观，非常不擅长料理家事的二姐川本日向（花泽香菜 配音）和还在上托儿所稚气未脱的小妹川本桃（久野美咲 配音）。三姐妹的出现让零再度感受到了家的温暖，找回了久违的快乐。与此同时，二海堂晴信（冈本信彦 配音）、三角龙雪（杉田智和 配音）和松本一砂（本村昂 配音）等强劲对手的出现，亦令零燃起了对将棋的热爱于斗志。
