故事发生在一个几乎人人都会使用魔法的世界之中，艾妮丝菲亚（千本木彩花 配音）是帕雷提亚王国的公主，在童年时代，她意外的重获了前世的记忆。但因为无法使用魔法，艾妮丝菲亚在贵族之中饱受轻视。 但对于乐观积极的艾妮丝菲亚来说，这并不会使她感到苦恼，她建立了独特的魔法理论，专注于研究通过科学的手段达成魔法效果的方法。一次偶然中，艾妮丝菲亚邂逅了名叫尤菲莉亚（石见舞菜香 配音）的公爵千金，她被剥夺了王妃候补地位，正处于迷惘之中。就这样，艾妮丝菲亚接纳了尤菲莉亚，两人共同开始了对于魔法理论的研究。
你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
故事发生在一处温馨但偏僻的田园小镇奥木染，双亲过世的少年春日野悠（桥本隆 配音）带着体弱多病的妹妹春日野穹（田口宏子 配音）千里迢迢的来到了这里，准备寄宿在祖父留下的房子中。虽然照顾妹妹的起居很辛苦，但悠还是拥有了一段难得愉快的时光。 在这里，悠遇见了幼年的玩伴天女目瑛（阪田佳代 配音），成熟温柔的姐姐依媛奈绪（猪口有佳 配音），认真可爱的大小姐渚一叶（小野凉子 配音）等热情亲切的朋友们，还有同班损友中里亮平（中国卓郎 配音）的插科打诨让他笑口常开。同时，一些模糊的回忆逐渐的浮上了心头，是和谁有过怎样的约定呢？面对着面前似曾相识的风景，悠的记忆开始苏醒。
大学生郑少鹏在家被一本厚重的历史书砸晕，醒来后发现自己竟来到了丹朱王朝，并化身为穷秀才杨麟。在内忧外患的年代，杨麟经历了战乱，见识了民间疾苦后，凭借自己的智慧和能力在朝中博得一席之地，逐渐带领丹朱王朝走上了内制贪官、外御强敌、科技进步、破除迷信的强国之路！
本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
