故事发生在一个几乎人人都会使用魔法的世界之中，艾妮丝菲亚（千本木彩花 配音）是帕雷提亚王国的公主，在童年时代，她意外的重获了前世的记忆。但因为无法使用魔法，艾妮丝菲亚在贵族之中饱受轻视。 但对于乐观积极的艾妮丝菲亚来说，这并不会使她感到苦恼，她建立了独特的魔法理论，专注于研究通过科学的手段达成魔法效果的方法。一次偶然中，艾妮丝菲亚邂逅了名叫尤菲莉亚（石见舞菜香 配音）的公爵千金，她被剥夺了王妃候补地位，正处于迷惘之中。就这样，艾妮丝菲亚接纳了尤菲莉亚，两人共同开始了对于魔法理论的研究。
春季的高中排球宫城县预选中， 在一番激斗后取胜，终于实现在全国大赛中出场这一夙愿的乌野高中排球部。 就在他们为全国大赛做准备的时候， 传来了影山受到全日本青年强化合宿召集的消息。 而月岛也受到宫城县一年级选拔强化合宿的召集。 同为一年级，对于差距感到不安的日向，擅自前去参加宫城县一年级选拔强化合宿，但……！？ 以全国大赛正赛为目标，日向、影山以及乌野高中排球部开始了更加艰巨的挑战——！！
高中女生朝雾彩，在学校中朝雾彩每天被同学欺凌在家中被哥哥虐待，在精神几乎崩溃之时，朝雾彩误打误撞的进入了一个「魔法少女网站」获得了魔法少女的手杖拥有了魔法力量，而在某天彩又被同学欺凌时使出了手杖的力量，同学突然从自己的眼前消失之后，同学出现在了一个远离自己的地方最后凄惨的死去。 而这个魔法少女手杖的能力并非能够无限使用，使用一次使用者的寿命就会减少，当魔法少女手上的纹章完全消失时魔法少女就会死去。 而在故事的设定中一共有 18 个魔法少女网站，有 18 个网站管理人也就是至少存在 18 位魔法少女，尽管女主角圣母属性爆棚因为意外的杀死了同学而负有罪恶感，但有其他魔法少女在抢夺手杖从而引发了魔法少女之间的争斗。
