大三学生叶不凡，为了给母亲筹集医药费碰瓷，不料遇到不按套路出牌的女司机，被撞之后的叶不凡无意中穿越到幻境，获得了古医门的传承，从此精通医术、修炼功法，获得无数美女青睐。
总学生人数为5万4千人的私立萨修诺学园，采从初等部、中等部到高等部一贯教育系统。所以，在这学园内有著多到数不完的社团活动，而其中最让人感觉奇异的社团，便是“英雌部”。 英雌部的一切活动，均是在暗地里进行，旁人皆不得而知，因此在学园内的风评不佳。但是，从一位品学兼优运动万能的美少女东云知花为开头，社团内充满著个性美少女。这些女同学，将刚进入高等部的少年三船传助，强迫其加入社团。人生平淡无奇的传助一加入后，开始了艳遇、爱情、麻烦接踵而来的学园生活，就此开演……
年轻的古生物学家达里厄斯·鲍曼在加利福尼亚州的荒野中发现了活恐龙。
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
