千年前，神将飞蓬与魔尊重楼于新仙界中大战，神剑“照胆”跌落人间，飞蓬被贬下凡。千年后，蜀山锁妖塔震荡，获得魔剑的飞蓬转世——景天，与唐雪见、徐长卿及紫萱几人开始了一场为收集五灵珠封印锁妖塔的冒险。
拥有着强大力量的创世神杖被四大神之一的埃及神拉（李璐 配音）盗走。为了令宇宙免于被毁灭的悲惨命运，希腊神宙斯（藤新 配音）派出了自己的女儿雅典娜（山新 配音）追踪神杖的下落。 小金刚（皇贞季 配音）是自幼生长在孤儿院里的平凡少年，常年凭借着机灵的脑瓜靠着坑蒙拐骗赚钱度日，只为了有朝一日身患重病的青梅竹马小青（C小调 配音）能够康复。一次偶然中，小金刚得到了藏有创世神杖下落的藏宝图，随后遭到了雷神托尔（李姝洁 饰）的伏击，在争抢之中，藏宝图被破坏，就这样，小金刚成为了唯一一个知道创世神杖在哪里的凡人。就这样，小金刚、雅典娜、托尔，再加上一个来自东方的脱线河神（郝祥海 饰），一行四人踏上了寻找创世神杖的旅途。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
鸣海孝之（谷山纪章 配音）、平慎二（青木城 配音）和速濑水月（石桥朋子 配音）是学生时代的好友，毕业在即，三人亦即将奔向不同的未来。某日，鸣海孝之结识了名叫凉宫遥（栗林美奈实 配音）的少女，在速濑水月的牵线搭桥下，鸣海孝之和凉宫遥走到了一起。 其实，水月一直暗暗的喜欢着孝之，在生日当天，她找到了正准备和凉宫遥约会的孝之，希望他能够送自己一枚戒指作为礼物。然而，当孝之告别水月来到约会地点时，等待着他的却是凉宫遥因车祸而陷入昏迷的噩耗。三年之后，凉宫遥从昏迷中苏醒了，可是她的记忆依旧停留在三年前出事的那一天，殊不知此时的孝之和水月早已经走到了一起。
