故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。 现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。 没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系， 平行存在于现实世界中的横浜。 幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。 阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。 把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦， 目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。 就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。 他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。 「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」 出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？ 随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。 那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。 和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦， 以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算， 期待着未来和他们擦出的火花吧。 早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。 并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。 《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡， 第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯， 都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。 两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。 在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。 但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。 还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。 将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。 当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时， 从未见过的奥特曼出现了， 他的名字是「迪迦」！ 昭和宇宙人和平成奥特曼激突！
家住千叶县的17岁普通高中生高坂京介（中村悠一 配音）有一个14岁的妹妹高坂桐乃（竹达彩奈 配音），可是，很长一段时间以来，这个外表可爱的妹妹和自己的关系并不密切，有时甚至可以用冷淡来形容。妹妹的身上究竟发生了怎样的事情呢？终于有一天，一个关于桐乃的秘密被京介发现了。 可爱 的妹妹居然是宅系的兄控？！虽然桐乃百般否认，但事实不容狡辩。随后，原本只在妹妹身边出没的千金大小姐槙岛沙织（生天目仁美 配音）和毒舌少女五更琉璃（花泽香菜 配音）也渐渐的围绕到了京介的身边来，她们都和妹妹一样，是秋叶原系的御宅族。因为是兄控而觉得分外苦闷的桐乃，究竟会和妹控的哥哥京介发展出一段怎样妙趣横生的关系呢？
女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
天生残缺，孤注一掷，沈翔为打通灵脉身赴险地寻药，意外救下受伤的神魔二女，觉醒神脉。 守父亲，护家族，成一代丹神！
