1890年，一场世纪大赛“SBR”于美国举开。全长共6000公里，是人类史上第一场骑乘马匹横越北美大陆的比赛！为了拿下高达5千万美元（60亿日元）的冠军奖金，一群强悍的冒险家们正式展开了他们的争战！
女高中生三好蓝美一心推着平凡不起眼、不知道在想什么的同班同学雾尾君。在看不见雾尾君的脸的演出中，蓝美和既是朋友又是情敌的染谷波说“怎么办？如果雾尾君放屁的声音很响的话”、“啊？太高兴了吧”这样的对话，描绘了因他的事一喜一忧的样子。
一名因兴趣开始当英雄的男子埼玉。 经过三年苦练，他获得了无敌的力量，能一拳击败任何敌人。 偶然收下弟子杰诺斯后，两人一同加入职业英雄组织英雄协会，每日展开活动。某日，自称怪人协会的怪人突然出现，掳走了协会干部的子女作为人质。 英雄协会召集S级英雄，策划潜入怪人协会基地的救援行动。而在英雄与怪人激战正酣时，被掳至怪人基地的人类怪人饿狼，缓缓睁开了双眼！
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
