《百花缭乱 武士少女》是日本ホビージャパン（Hobby JAPAN）出版社创业40周年的跨媒体制作企画。该企画的小说作者为日本的编集者、著作家·铃木ドイツ（すずきあきら）【铃木晓】。同时TV动画也预计在2010年10月开始在独立UHF局以及AT-X电视台播放。但在2010年9月3日在TOKYO MX电视台先行播放了第一话。故事发生在21世纪初叶的日本，此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结，但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗，学生会执行部称其为“丰臣狩猎”，并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力，但他却对执行部的镇压行动抱有疑问，为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上，宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后，突然从天空堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者，从此之后，就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。
人类长期以来隐藏在墙壁中的巨大秘密是——
虽然调查兵团离真相更近了一步，但由于当时的王政，被冠以了反叛者的污名。
但是，人类不仅仅是被饲养的家畜。
艾尔文·史密斯追求真相的的执念打动了宪兵团的高层，最终爆发了针对现行体制的政变。
一直欺骗民众的虚伪之王被废，继承了真正王室血统的希丝特莉亚·雷斯即位。在亲自讨伐巨人的勇敢女王的带领下，人类迎来了新的时代。
艾伦·耶格尔获得了硬质化能力和由此诞生的新型对巨人兵器。
稳步而顺利地进行反抗准备的人类，为了心中的夙愿，毅然实行了夺回玛利亚之墙的作战。
这是人类和巨人赌上彼此生存的终极之战。在那之前，艾伦、人类到底能得到什么呢？
举办开国祭并与各国缔结邦交的魔国联邦，开始朝着实现人类与魔物能够共同生活的世界「人魔共荣圈」迈进。跨越种族之间的隔阂，携手走向繁荣的魔国联邦。然而，在这背后，也有人将魔王利姆路的崛起视为危险。其中包括西尔特罗斯王国五大老之首的前「勇者」格兰贝尔・罗素，以及他的孙女玛玛莉安贝尔・罗素。高举以支配来守护人类主张的格兰贝尔与玛莉安贝尔策动谋略，并与利姆路正面冲突。另一方面，在黄金乡艾尔多拉德，魔王雷昂也为了某个目的开始行动。 身为人类守护者的勇者，与支配世界的魔王。在各种盘算交错之中，一名「勇者」正准备苏醒—— 怀抱着无法退让的意念，利姆路的下一场战斗即将展开。
