当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际，已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时，与一股强大的新威胁正面交锋，这股威胁足以永远改变人类的命运。
继火祀集团的青龙社长被火车残忍轧成两段之后，金田一一（松野太纪 配音）和七濑美雪（中川亚纪子 配音）受好友井泽研太郎（内山昂辉 配音）之托来到火祀家位于轻井泽的葡萄之馆，并见证了社长两名养子九曜（宫野真守 配音）和晓（及川以造 配音）的死亡。神秘的黑魔法以及带有诅咒和 预言气息魔法人偶，令这座公关被死亡的恐怖气息笼罩。人人自危，不知谁是下一个牺牲者。但是经过缜密的推理与调查，金田一终于逼近事实真相。他在众人面前指认凶手，结果令在场的每一个人出乎意料…… 本片为金田一少年事件簿系列20周年纪念作品。
