历经百年的时光,将人类与外侧世界隔开的墙壁。在墙壁的另一侧,似乎有前所未见的世界延伸开来。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的,尽是些激发少年探究心的文字。在时间流转,墙壁被巨人毁坏的现在,人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么?为何墙壁中会埋着巨人?巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是?以及,西斯托利亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情?在艾伦等104期兵的加入下,建立新体制的利威尔班。最强最恶的敌人,阻拦在开始行动的他们面前。
6500万年前,一颗小行星与地球擦肩而过,称霸这个世界的恐龙懵懵懂懂地逃过了灭顶之灾。之后又过了数百万年,恐龙的智力得到进化,它们学会种植、畜牧、建筑,并且拥有属于自己的语言和家庭。某座山脚下的平原地带,雷龙一家迎来三个性格各异的娃娃,最小的阿洛(雷蒙德·奥乔亚 Ray mond Ochoa 配音)孱弱胆怯,与父亲的生离死别更在他的心中投下难以磨灭的阴影。一连串的事件过后,他与妈妈、哥哥、姐姐相隔万里。阿洛将这一切都归罪于原始人类的小孩点点(杰克·布赖特 Jack Bright 配音)。而点点似乎不为所动,他主动亲近阿洛,仿佛是一条忠诚勇敢的小狗。 在充满坎坷和危险的回家之路上,阿洛与点点结伴而行,而这两个本不该碰面的恐龙和人类,将缔结超越了种族和时空的纯真友情……
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。