远古流传着一位骑士用剑结束黑暗世界，给人们带来了光明的传说。在女主角小时候遇到了妖物，一位金色狼头的战士救了她。女主角长大后，一次去美术馆时候，遇到了变成妖物的管理员。危机中男主角钢牙出现变身成金色狼头战士再次救了她。之后故事序幕展开……
濑尾卓也是个不起眼的平凡高一生，但他有个不可告人的小秘密：他是一部适合小女孩观赏的动画「闪亮萌宠」的狂热粉丝。有一天他带着参加抽奖幸运抽中的闪萌橡皮擦到学校，坐在他前面的辣妹．伊地知琴子突然说要借橡皮擦，便顺手抽走他手中的闪萌橡皮擦。想不到另一个走酷帅路线的辣妹．天音庆居然一眼就看出那是闪萌周边，令濑尾忍不住大吃一惊……
《百花缭乱 武士少女》是日本ホビージャパン（Hobby JAPAN）出版社创业40周年的跨媒体制作企画。该企画的小说作者为日本的编集者、著作家·铃木ドイツ（すずきあきら）【铃木晓】。同时TV动画也预计在2010年10月开始在独立UHF局以及AT-X电视台播放。但在2010年9月3日在TOKYO MX电视台先行播放了第一话。故事发生在21世纪初叶的日本，此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结，但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗，学生会执行部称其为“丰臣狩猎”，并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力，但他却对执行部的镇压行动抱有疑问，为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上，宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后，突然从天空堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者，从此之后，就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
