机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
26年前夜见山北中学的三年三班里，曾经有一位名叫「misaki」的学生。她不仅是位运动天才还是个优等生，个性平易近人广受众人喜爱的她却在某日突然猝死，极度悲伤的同班同学们无法接受这件事实，众人决定到毕业之前仍想像见崎还活著般度过每一天。因此见崎的座位就这样一大早上课会有人来打招呼，偶而还会有人藉机搭话——但这段美丽的插曲却对三年三班带来某种扭曲的现象。而在1998年春天，转到三年三班的榊原恒一，莫名感到班上的气氛持续著不安感。在这样的班级里，有位行事异于常人，孤高的美少女见崎鸣——一只眼睛遮著眼罩总是独自一人在画画，拥有不可思议的存在感让恒一不禁想试著接近她，但却就此陷入更深的谜团之中。 随著故事的进展，班上的气氛越来越紧张，也有越来越多的人不知是巧合还是「诅咒」而意外生亡。在绫辻大师的笔触下，恐怖的气氛越发浓厚。
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
鬼畜属性的芥辺（浪川大辅 配音）表面上只是个普通侦探，实际却是召唤恶魔解决众多难题的恶魔侦探。作为助手的工读生佐隈玲子（佐藤利奈 配音）在芥辺的事务所工作2个月之后，芥辺终于向玲子展示了自己召唤恶魔的超能力。玲子也借此机会进入了恶魔的世界。芥辺通过召唤不同的恶魔来处理侦探事务所的委托，但他所召唤的恶魔基本上都是有着各种缺陷的笨蛋。有职能为淫奔的下级恶魔阿萨谢尔（小野坂昌也 配音），他的特技为性骚扰。有职能为暴露的恶魔贵族贝西卜931世（神谷浩史 配音），他的爱好是吃排泄物。还有职能为嫉妒的温蒂妮•惠（小林优 配音），她深深迷恋着主人芥辺，对玲子抱着莫名其妙的敌意，是个十足的抖M。事务所每日的委托应接不暇，但正如芥辺所说，借助恶魔的力量也终究不会变得幸福，本人或其亲近的人一定会遭到应得的报应。
