前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
前世叶云飞天资过人，但体内武脉突然关闭，无法练武，遭遇了家族内部的奚落，未婚妻的私通背叛，各家族的围剿，让少年叶云飞众叛亲离，好友被欺凌、挚爱伤心离开、父亲惨烈战死。好在云游路过的紫圣真君将他收入门下，叶云天成长为有史以来最年轻的天帝，却在渡劫时遭遇偷袭，重生回一切转折发生的武脉尽失之时，却也是热血少年时代。再次遇到旧日的亲人、好友、恋人，面对熟悉的一切，一代天帝叶云飞选择重新开始。体内尚存一缕天帝之魂，让前生记忆得以完好保存。内有名位之争，外有家族矿脉荣辱之责，举目帝国天骄聚集，四大宗派各为其势，天玄大陆豪杰并起，叶云飞熟谙这世界强者为尊的规则。在千年天帝记忆的帮助下，叶云飞的武功进步惊人，在武道世界之中不断成长，并带领家族、师门快速壮大。 安定时日未几，外来侵略者铁蹄来犯，叶云飞率众奋起反抗，保卫家园生生不息。为了追求更高层次的武道之路，叶云飞离开家乡踏上了新的旅途，终成一代天帝。尝过太多落井下石、釜底抽薪，这一世必是神挡弑神，佛挡杀佛，横戈跃马，不负少年。
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开学第一天，普通高中生五河士道（岛崎信长 配音）如常来到学校，不料遭遇了突如其来的“空间震”现象。同学们纷纷躲进避难所，士道想起与妹妹（竹达彩奈 配音）的约定，他不顾危险跑到街道上，却遇到一个穿着盔甲手持大剑的神秘美少女（井上麻里奈 配音）。美少女正要攻击他时，同班同学鸢一折纸（富樫美铃 配音）率领着AST部队，与她展开了激烈的战斗。随后士道被带入空中舰艇，他惊讶地发现司令官竟然是自己的妹妹！他还得知那名少女是“精灵”，一直以来困扰着人类世界的空间震现象，正是这种精灵造成的。 要对付精灵，除了出动部队赶尽杀绝以外，还有另外一种方法，而这种方法只能依靠士道。那就是与精灵约会，感化她，让她爱上这个世界，爱上人类。平凡少年五河士道，能不能攻略这个绝美精灵少女？
有尾一族想要占领地球，企图统治人类，梦野博士为了阻止其野心，创造出科学战队来拯救人类。
