前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
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空间中有两个世界，一个叫元，一个叫易。两个世界的人生死相依，若一个世界的你死去，另一个世界的你也将同时死去，一个自称“解梦人”的神秘女人这样告诉元世界的念阳枭。元世界念阳枭的父亲念正元突然离世也印证了这一点，为了保护自己心慕之人——空灵慧免遭意外死亡，念阳枭毅然决然跨越两个世界的边缘来到易世界，去寻找一个身上有红色印记的女人，因为这个女人会直接导致易世界空灵慧的死亡进而直接威胁心怡之人的性命。为此，念阳枭踏入易世界获得超乎想象能力的同时，他再也无法回到回来的世界。
