故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
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蓝、法二人受到大长老指点，前往神秘的“生命绿海”快速提升等级。为了给父母报仇两人整理心情出发了。在这段艰辛的海上旅途中，他们看到了从未见过的神澜奇观，并感受到人族命运的不易。当他们终于来到生命绿海时，却遇到了这里的统治者——“绿海族”。蓝法二人在这里遇到了新的麻烦，但他们用正直感动了绿海族长老。长老请求蓝法二人帮助绿海族化解来自地下的危机，两人接下猎杀吞蚁的任务深入地下世界。猎杀过程中，两人碰巧混入了吞蚁族之主“红宝女皇”冲击十二阶的神级仪式。这时“无双珠”突然显现，吸收了“红宝女皇”晋升所需的心脏，“红宝女皇”便开始追杀蓝法二人，意图寻回这颗强大的心脏。蓝法二人面对这样的神级强者，只能一路逃跑，从地下世界逃回碧天岛。在追杀之路中两人奋力反抗，但还是险些被红宝女皇抓住，幸好遇到了掌管蓝海的“海巨帝”帮忙解围。两人决定前往更多高手云集可以自保的地域——...
