川村玲绪是个娇生惯养、性格固执的转学生，也从来不愿结交任何朋友，由此陷入了被孤立的境地。身为“班级协调者”的泽口麻衣决定寻找机会使玲绪与班上同学打成一片。可是玲绪并不是那么配合，反而总是躲避着麻衣。出于兴趣，麻衣不断用死缠烂打的方式来捉弄玲绪。于是，玲绪再也抑制不住自己的心情：“我喜欢你！”她就这样向麻衣告白了。这时，麻衣也不得不面对自己的心意。
当还是很和平的时候，世界突然出现了一个企图侵略地球的邪恶军团“黑暗十字军”，地球受到无尽的威胁。在这时，联合国组成了一支地球保卫联盟的军队。这支军队被分配到不同角落，其中一支就处于日本。“黑暗十字军”开始在日本不同地区破坏。 日本各地，黑暗十字军各自选出目标，杀害反对他们的人。当大家都被杀害，其中五人奇迹生还并发誓会复仇。他们穿上特别的电子战衣，使用着普通人没法使用的超能力。指挥官告诉他们，他们是秘密的战士·“秘密战队五连者”。具有很好的机会去对抗十字军。
