这个世界里,人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特,在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐,甚至想取他性命。为了在「奈落」活下去,莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》,结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──!之后过了三年,莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们(而且所有人都是等级9999),他以压倒性的力量开始进军地上!!
由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。