故事发生在一个和人类世界高度接近的时空，这里除了生活着的人们，还存在着神奇的迷你小灵兽。乐阳是一个真诚纯洁、机智勇敢、充满爱心的男孩，他积极探寻并和小灵兽成为了朋友。同时，来自不同时空的伙伴们也在探寻着灵兽，在这个过程中，乐阳用真诚和爱心感染了大家，竞技对手成为了好伙伴，越来越多的伙伴也来帮助他，一起解开灵兽的秘密。坏人想要利用灵兽来实现野心，但乐阳的真诚和纯洁化成了灵兽的核心力量，伙伴们携手战胜重重困难，让坏人的野心破灭，帮助大家恢复了安宁的生活。
工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原 哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的.
