在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量,竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下,在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识,慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
在昆虫世界里,一群善良的甲虫每日辛劳耕作,建设他们的家园。而在甲虫王国那个最偏僻的山茶村中,却隐藏着一个不为人知的秘密。某天,星仔(赤焰七星)驾着垦泥车开垦自家荒地时,被威龙(乌甲威龙)硬拉上山顶观看一场骑刃王比赛,为了说服对方赔自家的茶树,星仔驾驶垦泥车利用仅剩的3%能量撞翻了对手,但这也让他意外地发现,自己驾驶的垦泥车其实是赤焰家族的家传超级骑刃王——龙战骑。但得知山茶村里有这样一个人之后,狮鹫山庄第一高手钢千翅以及白虎车队队长铠甲神便相继挑战星仔试图分个高下。为了应战,原本想隐瞒事实的赤焰爷爷只得道出实情——星仔的父亲因为驾驶龙战骑比赛而死在了赛场上,而他不希望同样的悲剧和宿命在星仔身上重演,便将龙战骑的外壳卸下,将他伪装成一辆垦泥车,并不许星仔使用它去战斗。他怀着冠军梦想来到大城市,并与钢千翅,铠甲神,苗纹纹组成圣兽队,迎接新的挑战。在成长过程中,他得知一个邪恶科学家为了赢得冠军操纵比赛,团队运用自身神奇力量瓦解了邪恶科学家的阴谋,赢得了总决赛冠军,成为拯救甲虫世界的传奇英雄。
由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。