橘发少年黑崎一护是个正义感爆棚的高中生,与父亲、两个妹妹共同生活,从小他就有能看见鬼魂的本事,但并不以为意。一天夜里一只叫“虚”的怪物攻击了一护和他的家人,尾随怪物而来的死神朽木露琪亚身负重伤,只得将灵力转给一护,由他代死神之职。岂料“代职”一发不可收拾,一段时间后,尸魂界发现露琪亚的违规行为,来人将她抓走。为救出朋友,一护在浦原商店店主浦原喜助的帮助下,集结了井上织姬、石田雨龙、茶渡泰虎几位好友,一同前往尸魂界。与此同时,尸魂界瀞灵廷内一场惊天阴谋也在慢慢掀开……
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
“想洗清嫌疑,方法有很多,语言辩解只是其中的一种,但也是最无力的一种。实力也是一种辩解的方法!”紫川秀,这位在魔族大营内孤身击杀紫川家叛徒的将领,在远东地区神秘圣庙守护长老的支持下,成为了远东地区数十万联合部队的首领。一位新的远东之王——光明王,诞生了!
由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。