橘发少年黑崎一护是个正义感爆棚的高中生,与父亲、两个妹妹共同生活,从小他就有能看见鬼魂的本事,但并不以为意。一天夜里一只叫“虚”的怪物攻击了一护和他的家人,尾随怪物而来的死神朽木露琪亚身负重伤,只得将灵力转给一护,由他代死神之职。岂料“代职”一发不可收拾,一段时间后,尸魂界发现露琪亚的违规行为,来人将她抓走。为救出朋友,一护在浦原商店店主浦原喜助的帮助下,集结了井上织姬、石田雨龙、茶渡泰虎几位好友,一同前往尸魂界。与此同时,尸魂界瀞灵廷内一场惊天阴谋也在慢慢掀开……
水门都市普利斯特拉一战中,昴一行艰难取得了胜利,但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能,蕾姆陷入沉睡,库珥修失去了记忆,而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中,昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽,以及超乎想象的威胁,重重险阻横亘在前。为了与同伴一起,夺回失去的一切,少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
校花竟然前来声称怀了自己的孩子?学姐前来斥责自己劈腿?……男主人公江浩一,凭借“爱神巧克力”的力量,获得了从天而来的美少女后宫。粉色系大小姐夏紫瞳,运动少女唐瑄,学霸眼镜娘林渊,再加上原本就喜欢着江浩一的病娇黑长直欧阳雪梨,还有一个每次出场都在吃东西的爱神妹子。
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。