随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立,巨大显示屏中播放出影像,连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村,但一般民众也增多,忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖,第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人,进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人,但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过! 慕留人与新的伙伴相遇,他将如何挑战突然发生的神秘事件? 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语,现在开始!!
你是否想过,在霓虹璀璨的都市之下,潜藏着来自古老神话的怪物?你是否想过,在那高悬于世人头顶的月亮之上,伫立着守望人间的神明?你是否想过,在人潮汹涌的现代城市之中,存在代替神明行走人间的超凡之人?人类统治的社会中,潜伏着无数诡异;在那些无人问津的生命禁区,居住着古老的神明。炽天使米迦勒,冥王哈迪斯,海神波塞冬……而属于大夏的神明,究竟去了何处?在这属于“人”的世界,“神秘”需要被肃清!
在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子 配音)、井之上京(夏树莉绪 配音)、火田伊织(夏树惠 配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……