随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立,巨大显示屏中播放出影像,连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村,但一般民众也增多,忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖,第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人,进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人,但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过! 慕留人与新的伙伴相遇,他将如何挑战突然发生的神秘事件? 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语,现在开始!!
故事发生在遥远的未来,肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰,为了抵挡异兽的进攻,日本政府成立了防卫组织TLT,其中,夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器,是整个组织内部的中坚力量。 然而,面对经过了进化的新型异生兽,夜袭队亦束手无策,在这个节骨眼上,光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准(桐岛优介 饰)出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中,奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉(川久保拓司 饰)是TLT里的新进成员,当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后,开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
1999年,由于数码世界资料异常增生,导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象:东南亚没有下雨,池塘全部干涸;中东却因为连场大雨发生洪水;美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一(藤田淑子 配音),和伙伴石田大和(风间勇刀 配音)、武之内空(水谷优子 配音)、泉光子郎(天神有海 配音)、太刀川美美(前田爱 配音)、城户丈(菊池正美 配音)、高石武(小西寛子 配音)一起参加了夏令营,一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里,他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后,八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽,眼看大家都要被抓住的时候,太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽,拯救了他们。进化到底是怎么回事情?数码世界究竟是什么?无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前,精彩的冒险就这样开始了……