《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
性格内向的小学四年级男生阳向，默默喜欢着班上的人气女孩时雨。两人拥有着共同的爱好——喂养学校的小鸟。在一次偶然中，阳向和时雨开始有了接触，两人渐渐拉近了彼此间的距离。对未来发展充满希望的阳向在心中描绘着与时雨共处的美妙情景，然而天有不测风云，不久后对方要转校的消息传来，悲伤的阳向变得无精打采，却迟迟无法开口倾诉自己的感情。到了时雨即将离开的这一天，阳向终于打破了心中鸟笼的桎梏，下定决心奔跑起来。“我想说的是——我喜欢你，时雨同学！”阳光中的青时雨，与心中幻想的那只天鹅一同飞翔的阳向，能否将自己的心意传达给时雨呢？
