《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
2018年10月31日。ハロウィンで賑わう渋谷駅周辺に突如“帳”が降ろされ大勢の一般人が閉じ込められる。そこに単独で乗り込む現代最強の呪術師・五条悟。だが、そこには五条の封印を目論む呪詛師・呪霊達が待ち構えていた。渋谷に集結する虎杖悠仁ら、数多くの呪術師たち。かつてない大規模な呪い合い「渋谷事変」が始まる―。そして戦いは、史上最悪の術師・加茂憲倫が仕組んだ殺し合い「死滅回游」へ。「渋谷事変」を経て、魔窟と化す全国10の結界コロニー。そんな大混乱の最中、虎杖の死刑執行役として特級術師・乙骨憂太が立ちはだかる。絶望の中で、なおも戦い続ける虎杖。無情にも、刃を向ける乙骨。加速していく呪いの混沌。同じ師を持つ虎杖と乙骨、二人の死闘が始まる——
