C.E.70年2月,地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月,在“非我即敌”的观念驱使下,地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候,少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后,背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后,他成为了ZAFT的战士......
这是新时代骑士与人工智能的正面交锋。故事背景设定为迎来新时代的日本。引领人工智能潮流的公司——“飞电智能”,研发了一款AI机器人,并将其投入到实际运用中。它们完美融入了职场,把新时代朝着电子化的方向推进。但妄图灭绝人类的恐怖分子“灭亡迅雷站”黑了机器人的系统使之暴走。在这样的情况下,政府成立了专门针对AI犯罪的人工智能特务机关,来镇压暴走的AI机器人,维持治安。在一系列事件中,以成为搞笑艺人为目标的主角——飞电或人成了中心人物。在被炒鱿鱼的主人公面前出现了一辆无人驾驶的高档车,然后他突然间被告知,自己要继承飞电智能公司社长的宝座……
历经百年的时光,将人类与外侧世界隔开的墙壁。在墙壁的另一侧,似乎有前所未见的世界延伸开来。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的,尽是些激发少年探究心的文字。在时间流转,墙壁被巨人毁坏的现在,人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么?为何墙壁中会埋着巨人?巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是?以及,西斯托利亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情?在艾伦等104期兵的加入下,建立新体制的利威尔班。最强最恶的敌人,阻拦在开始行动的他们面前。