C.E.70年2月,地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月,在“非我即敌”的观念驱使下,地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候,少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后,背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后,他成为了ZAFT的战士......
冬空凩(小野友树 配音)自幼就有着比一般人强烈的灵感力,常常会遭到幽灵的附身,人生因此一直都不是很顺利,甚至因此而背负上了巨额的债务。无奈之下,冬空凩只得到处寻找容身之处,就这样来到了名为摇曳庄的温泉旅馆之中。 虽然摇曳庄的所有住客都是女性,但冬空凩最终还是在这里找到了落脚之地。天真可爱的地缚灵汤之花幽奈(岛袋美由利 配音)、每天都沉浸在妄想之中的美少女偶像宫崎千纱希(铃木绘理 配音)、对妖怪感到深恶痛绝的灵能忍者高桥李依(高桥李依 配音)、酒吞童子的后裔荒霸吐吞子(加隈亚衣 配音),和冬空凩住在同一屋檐下的是这些奇奇怪怪的美少女们。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。