“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
在一个阳光明媚的日子里，五大国最强的火之国木叶村举行了运动会，据说获胜者将获得前往琉球度假的机会。漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和宇智波佐助（杉山纪彰 配音）组成一组，他们摩拳擦掌，志在必得。谁知就在比赛开始前，鸣人突然感到腹中疼痛，他连忙离开会场跑去厕所，而男厕所门口前居然排起了长龙，他没有办法只能硬憋着返回会场，如此折磨的情况下比赛效果自然好不到哪去。总算混下来第一场，鸣人再度跑去厕所，偏偏此时男厕在打扫卫生，鸣人走投无路，想溜进女厕所，关键时刻又被雏田叫住。 接二连三的磨难，鸣人能否赢得前往琉球的机会？
