故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
在幽暗森林的最深处，在毒蘑菇的家中悄然栖居，住着一位名叫露娜的魔女。露娜碰过的地方会长出毒菇，吐出的气息带有毒菇孢子，因此没有人敢接近她。某天，露娜和以往一样为了卖药而前往城镇。她调制的药剂作为万能药广受欢迎，凡是得到它的人，都会异口同声地道谢。可谁都不知道制药的人究竟是谁。即便如此，露娜今天仍在继续熬制药剂。就在那一天，从未体会过人间温暖的孤独少女露娜，即将迎来梦幻般的邂逅……“蘑菇魔女”爱与冒险交织的故事即将展开。 关于心地善良的黑魔女露娜，以及围绕在她身边的人们的故事，属于每个人的爱的故事。
