全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
父亲欠债后离家出走，女高中生桃园奈奈生（三森铃子 配音）的人生自此发生变化。她阴差阳错成为土地神，并喜欢上妖狐巴卫（立花慎之介 配音）。在与巴卫缔结了神使的契约后，他们两人的关系似乎更近了一步。沉浸在恋爱幸福感觉之中的奈奈生，无意中目击了巴卫和狸子小姐谈话的场面。狸子将一只神秘匣子交给巴卫，而巴卫却说出奈奈生没有任何用处的话来，这令奈奈生大受打击。随后的日子里，奈奈生利用假期和巴卫来了一场温泉旅行，在全然不熟悉的度假胜地，幸福爆笑却又浪漫感人的故事继续上演…… 本片根据铃木JULIETTA的原作改编。
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
艾伦为了毁灭世界，发动了「地鸣」。无数的巨人开始进攻，摧毁一切。米卡莎、阿尔敏、让、康尼、汉吉、莱纳、安妮、皮克，以及身受重伤的利威尔……剩下的人们为了阻止艾伦，展开了最后的战斗。
