魅灵侵袭，古神大陆的安宁将如何守护？ 本源之力，所得的生命之水遭八方觊觎…… 亲情与道义，安有两全抉择？ 被构陷结魔，该如何挣脱囹圄？ 林枫能否战胜魔尊分身，重塑魔尊封印，守护古神大陆安宁？
天地是万物众生的客舍，光阴是古往今来的过客。苍天残面张开诡异之眼，所视之处生灵涂炭，化为永恒的禁区。末世之中，因果随行，死地后生。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际，已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时，与一股强大的新威胁正面交锋，这股威胁足以永远改变人类的命运。
故事发生在一个人类文明科技极度发达的未来社会，机械帝国凭借着拥有大量优秀科学家和研造出的高智能机器人称霸宇宙，巨大的机器王国就此建立。帝国之中，凤（一条和矢 配音）、华莲（绪方惠美 配音）、北斗（佐久田修 配音）和龙（藤原启治 配音）是辅佐机械皇帝的四灵将，其中，华莲于无意之中发现了皇帝可怕而又强大的野心，决定不再助纣为虐，于是带着属于她的高能机器人逃往神居岛。 在神居岛，莲花邂逅了名为高宫铁兵（桧山修之 配音）的放牧少年，之后成为了他的师父。钢太郎是铁兵的哥哥，皇帝觊觎钢太郎高超的智商将他绑架。为了救出哥哥，正直勇敢的铁兵潜入了机械王国。
