魅灵侵袭，古神大陆的安宁将如何守护？ 本源之力，所得的生命之水遭八方觊觎…… 亲情与道义，安有两全抉择？ 被构陷结魔，该如何挣脱囹圄？ 林枫能否战胜魔尊分身，重塑魔尊封印，守护古神大陆安宁？
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
故事发生在一个幻想中的武侠世界，这个世界普通人可以通过不断习武修练内功，激发自身精神与身体上的潜能。故事主人公林辰，是一个出身平凡，追求习武巅峰的普通武者。他在遭遇不公对待后，愤怒之下触发自身精神上的潜能，进入了类似量子效应的“心觉”状态，却也因此目睹了家人在未来即将遭遇可怕的危险。因此，为了保护家人、爱人免遭致命侵害，以及调查父亲失踪谜案，林辰以一份神秘的名单为线索，追寻这一切背后的真相，并与邪派势力展开曲折艰险的斗争，谱写出一段可歌可泣的传奇故事。
26年前夜见山北中学的三年三班里，曾经有一位名叫「misaki」的学生。她不仅是位运动天才还是个优等生，个性平易近人广受众人喜爱的她却在某日突然猝死，极度悲伤的同班同学们无法接受这件事实，众人决定到毕业之前仍想像见崎还活著般度过每一天。因此见崎的座位就这样一大早上课会有人来打招呼，偶而还会有人藉机搭话——但这段美丽的插曲却对三年三班带来某种扭曲的现象。而在1998年春天，转到三年三班的榊原恒一，莫名感到班上的气氛持续著不安感。在这样的班级里，有位行事异于常人，孤高的美少女见崎鸣——一只眼睛遮著眼罩总是独自一人在画画，拥有不可思议的存在感让恒一不禁想试著接近她，但却就此陷入更深的谜团之中。 随著故事的进展，班上的气氛越来越紧张，也有越来越多的人不知是巧合还是「诅咒」而意外生亡。在绫辻大师的笔触下，恐怖的气氛越发浓厚。
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」，已过了十多年。觉醒了特殊能力，被称为「猎人」的人们，与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间，其等级也不会再有变化。然而，被称作是人类最弱兵器的程肖宇，在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力，得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务，得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇，为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材，而投身于新的战斗之中。
