这日，临水城秦家正在举行觉醒武魂的仪式。大长老之子秦长空觉醒五品白虎武魂，在觉醒台引起了异象，引得众族人欢呼。秦家家主之子秦南本被族人给予厚望，却只觉了最废的一品武魂，让至亲好友失望之极，也引来众人异样的眼神和争论。n不久，秦南觉醒一品武魂的消息传遍整个临水城，有人惋惜，有人嘲笑，都觉得如今武道圣地玄灵宗破例给临水城的一个弟子名额，要被城内的另一大家族，方家的少主方如龙获得。n是夜，秦南抓紧修炼，险象环生的废除了自身的一品武魂，觉醒两年前寄宿于自身的无上战神之魂。n
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故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
