四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
作为春名露（池泽春菜 配音）的宠物，哈姆太郎（间宫久留美 配音）是一只外表可爱内心单纯又充满着好奇心的黄金鼠，虽然和主人之间无法用语言交流，但两人深厚的感情溢于言表。这一次，哈姆太郎跟随着主人来到了一座新的城市，对于哈姆太郎来说，这无疑是一场为大冒险的开端。 在新家里，哈姆太郎结识了许多有趣的朋友。来自法国的丽丽（村井每早 配音）似乎对哈姆太郎有着爱慕的感情；野生的大将（伊藤健太郎）总是充当着首领的角色；贪吃又可爱的哆哆（爱河里花子 配音）依旧捧着它的葵花籽。越来越多的朋友加入了哈姆太郎的大家庭，它们建立的哈姆哈之树更是成为了大家欢聚一堂的据点。有了这些朋友的陪伴，哈姆太郎快乐的生活开始了。
重返奇妙世界，探索浩瀚宇宙，罗莎塔公主、酷霸Jr.、耀西等更多惊喜角色登场，开拓更宏大酷炫的版图，呈现更精彩纷呈的冒险。
鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、卡卡西（井上和彦 配音）和小李（増川洋一 配音）四人接到新的任务，他们要护送月之国王子月满回国。月之国位于三日月岛，该国超级富有，他们的王子月满则俨然一个纨绔子弟的形象。受父王之命，月满带着儿子小光及众多随从周游列国，沿途买了无数的东西。所谓树大招风，不少歹徒打起月之国一行的主意。作为清贫的忍者，他们无法理解富人的一些做法。不过随着旅途的积蓄，鸣人他们渐渐了触摸到月满父子的内心世界，彼此间成为很好的朋友。漫长的旅行仍在继续，更多的艰难险阻等在前方…… 本片为《火影忍者》第三部剧场版动画。
