小丸子是一名小学二年级的女生,她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话,那么她的周围可谓“怪人”多多,有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷,讨人厌的宾治同学等等,这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们,每天都在演绎着生活的趣事,伴随着小丸子一天天长大。
因一场以利益交换为目的的联姻,太玄楼刺客江元与九璇宗圣女韶月奉命成婚。两人在洞房夜发起暗杀,却发现彼此皆是不死之身。为了得到对方宗门的秘宝御妖铃、镇魔钟,两人从死敌转为表面夫妻,虚与委蛇。但两人尚不知道,对方也是家园被“虚无”所毁的外星遗民。这对宿命伴侣在戒备与试探中结成同盟,不仅要寻找遗失飞船化做的秘宝,更要对抗虎视眈眈的整个修仙界,在危机四伏中寻找击败“虚无”的希望。
在与暗之科学王国的战斗之后,千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价,成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击,千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程! 千空与杰诺决定短暂联手,结合彼此的知识,共同逼近那令人憎恶的「光」的真相! 为了拯救人类的未来,千空将与伙伴们携手,全力开拓属于他们的「科学之道」!!
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。