这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!
数百年前，欲望催生了几乎灭绝人类的玛娜生态。人类瞬间沦为猎物，文明毁灭殆尽，末日中猜忌和恐惧拉开了人与人之间的距离。灾难当前，人们逐渐意识到：情感——这个被灯塔视为禁忌的存在，如今成为突破一切障碍、构建命运共同体的最强纽带。已被逼至绝境的幸存者们能否重夺未来?
自风都塔建立30年以来，风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天，这座平静的城市再起波澜。一群本应死亡的Dopont突然出现在街头，对周遭进行大肆破坏。左翔太郎（桐山漣 饰）和飞利浦（菅田将暉 饰）合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙（木ノ本嶺浩 饰）则化身假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚•S•克兰贝蒂（杉本彩 饰）的协助下，正义战士们击退了入侵者，却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知，国际重犯大道克己（松岡充 饰）及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体，他们更阴谋占领风都。 一场激烈的正邪战争即将展开……
