楠木凑成了乡下一座新建宅院的管理员。原本是座有恶灵寄宿其中、非常「不干净」的院落大宅，然而身怀超强驱除邪祟力量的楠木却在不知不觉间将之消灭殆尽！彻底净化过后的楠木邸变得万分舒适宜居，诸多各有个性的神明纷纷为之而来！爱吃甜食的山神、还有毛茸茸的眷族、嗜酒的灵龟……待他察觉到的时候，宅院庭院竟已成了四季如春的神域！？甚至连现代阴阳师都会为了藉助楠木驱除邪祟的力量前来造访……与山神邻居们温馨的山林乐居生活，才正要拉开序幕。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
讲述青年南光太郎和弟弟秋月信彦被选中成为“黑日”和“影月”，为击溃戈尔哥姆的阴谋和救出信彦，未被洗脑的光太郎以“假面骑士BLACK”之名展开了战斗。
