忍者は、存在しない。…と、我々は思っている。 仮に忍者が存在したところで、忍者はその姿を我々に晒すことはない。 だからこそ、忍者は『表向きには』存在しないのだ。 主人公、櫻羽一時は、我々と同じく忍者は存在しないと思っている、普通の男子。 彼には普通の、幸せで輝かしい日々が約束されている…はずだった。 ある日、一時は命を狙われ、それが甲賀忍者の仕業であると聞かされる。 なぜ一時は命を狙われたのか？それは…彼が由緒正しき、伊賀忍者第１９代正当後継者だったからなのだ！ 伊賀と甲賀は長年対立しており、甲賀は伊賀を侵略しようとしている。 一時が生きるためには…自らも忍者になるしかない！ こうして、誰も知らない忍者の世界に身を投じる一時。 一人前の忍者となるべく学び、戦い、苦難に立ち向かう。 だがそれは、一時が辿る過酷な運命の、ほんの序章でしかなかった…。
2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来，我们自己做主”，忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。
