故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。
故事讲述了曾经被孙悟空击败的红绸军卷土重来，创造出了自称是超级英雄的人造人伽玛1号和伽玛2号。悟饭、比克与两位超级人造人狭路相逢，展开了激烈的对战……红绸军究竟在酝酿什么阴谋？地球危机迫在眉睫，是时候觉醒了，真正的“超级英雄”！
宁静的九州乡间小镇，生活着平凡的少女岩户铃芽（原菜乃华 配音）。这天上学路上，她邂逅了神秘的白衣青年宗像草太（松村北斗 配音）。草太的言行举止引起了铃芽的好奇，她随着这个青年来到了一处废墟，并看到了一扇在水中央突兀伫立的门。懵懵懂懂，铃芽无意间解开了某个古老封印。在此之 后，一场地震突发，而偏偏只有铃芽才能看见地震前发生的诡异现象。随后这个惶恐的女孩才发现，草太原来是有着古老传承的闭门师，他巡游日本各地正是为了阻止更大的灾难发生。rn从西日本到东日本，追逐灾难的旅途中，铃芽尘封的记忆也渐渐苏醒……
