兔子经过艰苦奋斗,终于排除万难建立了新的种花家。然而兔子饱受鹰酱、大熊的孤立,不得已和单纯的河马们交了朋友。在兔子的经济、军事援助下,以坦黑叔为代表的河马实现了军事上的长足发展,兔子也终于在第三世界立稳脚跟。与此同时,兔子和毛熊的关系不断恶化,双方在珍宝岛爆发了武装冲突。没有永远的朋友,只有永远的利益。曾经视为寇雠的兔子与鹰酱相互试探,最终建交。为了遏制毛熊的势力,鹰酱协助种花家重返联合国,并给予了极大了武器输出支持。 种花家在兔子的带领下,一步步走向富强……
怀揣着对生命的留恋,主角在临终之际将数据传输到游戏世界,成为了等级为1的NPC。然而好景不长,一场“BUG”席卷了游戏内部。目睹身边的NPC接连消逝,手握最后一次生命线的主角决定奋起抗争。
在《纳米核心》的里世界中,各位主角配角以及龙套们,都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常,并不正经地保护着这个世界,以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。